基因组浏览器API服务器

基因组浏览器API服务器是 hlydecker 开发的 MCP 服务器：一个提供UCSC基因组浏览器API全面访问的MCP服务器，支持查询基因组数据、序列、轨道和元数据。接入两步走：pip install -e .，再把下文配置粘进客户端 mcpServers 段重启即可。

先把话说清楚：基因组浏览器API服务器不是又一个大模型，而是一个标准的 MCP 服务器。装好之后，你的 AI 客户端多出一组新工具，模型可以按需调用。一个提供UCSC基因组浏览器API全面访问的MCP服务器，支持查询基因组数据、序列、轨道和元数据

• findgenome - Search for genomes using keywords, accession IDs, or organism names
• listpublichubs - List all available public track hubs
• listucscgenomes - List all UCSC database genomes
• listgenarkgenomes - List GenArk assembly hub genomes
• listhubgenomes - List genomes from a specific hub
• listfiles - List downloadable files for a genome
• listtracks - List data tracks in a genome or hub
• listchromosomes - List chromosomes in a genome or track

两类人最该装：一是想让 AI 直接查询、分析业务数据的数据和后端工程师；二是已经在用 MCP 生态、想按需拼装能力的折腾型用户。反过来，如果你只需要偶尔手动用它背后的服务，直接开网页就行，不必上 MCP。

动手前确认环境齐了：

• Python 3.10+ 与 pip（个别仓库要求 3.11+，以 README 为准）。
• 一个支持 MCP 的客户端：Claude Desktop、Cursor、Cline、Windsurf 任选其一。

终端里任选一条（不同安装方式，效果等价）：

pip install -e .

基因组浏览器API服务器的 README 没给标准 mcpServers JSON，配置入口见 官方文档 的 Usage/Configuration 章节。原则不变：客户端配置文件里加 mcpServers 条目，重启生效。

完全退出客户端再打开（是托盘里真正退出，不是关窗口）。工具列表里出现基因组浏览器API服务器的工具即接入成功；调用报错的话，先查下面的坑点清单。

• 改了配置没反应：客户端只重启了窗口没退进程。macOS 按 Cmd+Q，Windows 检查托盘。
• JSON 报错打不开客户端：多半是最后多个逗号。粘进任何 JSON 校验器里查一遍再保存。