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Reactome通路数据服务

提供Reactome生物通路和系统生物学数据的访问服务,支持通路搜索、基因关联、疾病机制分析等功能。

Reactome通路数据服务是 Augmented-Nature 开发的 MCP 服务器:提供Reactome生物通路和系统生物学数据的访问服务,支持通路搜索、基因关联、疾病机制分析等功能。接入两步走:见官方 README,再把下文配置粘进客户端 mcpServers 段重启即可。

它是干什么的

先把话说清楚:Reactome通路数据服务不是又一个大模型,而是一个标准的 MCP 服务器。装好之后,你的 AI 客户端多出一组新工具,模型可以按需调用。提供Reactome生物通路和系统生物学数据的访问服务,支持通路搜索、基因关联、疾病机制分析等功能

项目数据
开发者Augmented-Nature
Star12
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质量等级C
平台分类未分类
部署标签本地部署、生物信息学、通路分析
仓库Reactome-MCP-Server

核心能力

  • ? Pathway Search - Search biological pathways by name, process, keywords
  • ? Pathway Details - Comprehensive pathway information and components
  • ? Gene-to-Pathways - Find pathways containing specific genes/proteins
  • ? Disease Pathways - Disease-associated biological mechanisms
  • ? Pathway Hierarchy - Parent/child relationships and pathway structure
  • ? Pathway Participants - All molecules participating in pathways
  • ⚗️ Biochemical Reactions - Detailed reaction information
  • ? Protein Interactions - Molecular interactions within pathways

适合谁用

两类人最该装:一是想把这个能力接进自己 AI 工作流的开发者;二是已经在用 MCP 生态、想按需拼装能力的折腾型用户。反过来,如果你只需要偶尔手动用它背后的服务,直接开网页就行,不必上 MCP。

完整安装配置步骤

动手前确认环境齐了:

  • 一个支持 MCP 的客户端:Claude Desktop、Cursor、Cline、Windsurf 任选其一。

第 1 步:安装Reactome通路数据服务

安装命令随版本更新较频繁,以 官方 README 顶部 Installation 一节为准。

第 2 步:按官方说明写入配置

Reactome通路数据服务的 README 没给标准 mcpServers JSON,配置入口见 官方文档 的 Usage/Configuration 章节。原则不变:客户端配置文件里加 mcpServers 条目,重启生效。

第 3 步:重启并验证

完全退出客户端再打开(是托盘里真正退出,不是关窗口)。工具列表里出现Reactome通路数据服务的工具即接入成功;调用报错的话,先查下面的坑点清单。

容易踩的坑

  • 改了配置没反应:客户端只重启了窗口没退进程。macOS 按 Cmd+Q,Windows 检查托盘。
  • JSON 报错打不开客户端:多半是最后多个逗号。粘进任何 JSON 校验器里查一遍再保存。

常见问题

Q

Reactome通路数据服务免费吗?

A

代码在 GitHub(https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server)开放获取。个别功能依赖第三方服务时费用另算,看仓库 LICENSE 和定价页。

Q

Reactome通路数据服务能用在 Cursor / Cline 吗?

A

能。MCP 是通用协议,同一份 mcpServers 配置在这些客户端之间基本通用,只是配置文件位置不同。

Q

需要外网或代理吗?

A

拉包和调用官方 API 需要能访问 GitHub 与对应服务域名,内网环境先测 git ls-remote 和接口连通性。